Нейропсихологическая сенсомоторная коррекция не может применяться во всех случаях, когда у ребенка диагностированы органические и функциональные нарушения деятельности головного мозга.

По причине того, что в основе метода лежит функциональное развитие структур головного мозга и метод направлен на локальную и полиморфную немедикаментозную активацию этих структур, метод противопоказан при:

• эндогенных психических заболеваниях, при которых необходимо медикаментозное лечение;
  
• в случаях эпилепсии и при наличие очагов эпилепсии;
  
• в случаях генетической патологии.