Neiropsiholoģiskā sensomotorā korekcija nav pielietojama visos gadījumos, kad bērnam diagnosticēti galvas smadzeņu organiski un funkcionāli darbības traucējumi.
Ņemot vērā to, ka metodes pamatā ir smadzeņu struktūru funkcionālā attīstība, ko izraisa lokāla un polimorfa smadzeņu struktūru aktivācija, bez medikamentozas iejaukšanās, šī metode ir kontrindicēta:
- endogēnu psihisku saslimšanu gadījumos, kuru ārstēšanā nepieciešama nepārtraukta medikamentu pielietošana;
- epilepsijas gadījumā un pie epilepsijas perēkļu esamības;
- ģenētisku patoloģiju gadījumos.